在單分子水平研究生物分子相互作用的分子機制，對于深入了解生物分子的特異識別、生化過程以及分子結構與功能的關系具有重要意義，是目前生物、化學、物理交叉領域的一個前沿方向。原子力顯微鏡單分子力譜法以其獨特的優越性在生物單分子相互作用的研究中發揮著十分重要的作用。原子力顯微鏡(atomicforcemicroscopy，AFM)是1986年由美國IBM公司的Binnig和Stanford大學的Quate等發明的。由于AFM具有原子級的高空間分辨率(橫向分辨率可達0.1nm，縱向分辨率可達0.01nm)，制樣方法簡單，能在接近生理環境的條件下(如溶液中)操作，利用它對生物樣品進行高分辨成像，已成為生物學研究的常用技術，廣泛應用于結構生物學、分子生物學、細胞生物學等各領域。Lee等報道利用AFM皮牛級的測力靈敏度來研究生物分子間的非共價作用(一般認為單對生物分子間的非共價作用力為幾十到幾百皮牛)，使得傳統熱力學研究方法無法實現的單分子水平上分子間相互作用力的測定成為可能。此后，用于研究生物分子相互作用的原子力顯微鏡單分子力譜法(singlemoleculeforcespectroscopy)迅速發展起來。

最早利用AFM單分子力譜研究的是鏈霉親和素/生物素及親和素/生物素體系，它們被認為是最強的非共價結合分子對，其離解常數達到10-15mol/L。Lee等用生物素修飾的AFM針尖與鏈霉親和素修飾的云母測定了單對鏈霉親和素/生物素相互作用力，發現其大小比用鏈霉親和素溶液封阻后的針尖-基底非特異作用力大3－8倍，證實了單分子力譜研究單對生物分子相互作用的可行性。隨后人們應用AFM單分子力譜研究了大量生物分子配體/受體的結合，下面僅舉幾例介紹近年來單分子力譜在研究蛋白質/蛋白質、蛋白質/DNA相互作用，及蛋白質去折疊等方面的應用進展。蛋白質/蛋白質的相互作用單分子力譜法建立后便廣泛用于表征抗體/抗原分子的親合力。

Hinterdorfer等研究了白蛋白抗體與抗原的相互作用力，并改進了蛋白質的固定方法，通過一段PEG高分子聚合物鏈將蛋白質與表面相連，這樣不僅增加了抗體抗原的空間自由度，而且能從力-距離曲線圖上將其特異性相互作用與針尖和基底的非特異性相互作用力區分開來，成為目前固定蛋白質的常用方法。他們進一步用修飾了抗體的針尖對抗原樣品掃描，發展了將AFM測力模式和掃描成像相結合的識別成像技術。采用交變磁場驅動表面被磁化的AFM微懸臂，可同時得到成像點的圖像信息與分子間相互作用力，即同時獲得高分辨的形貌像和識別像，克服了AFM成像只能給出分子的形狀和大小信息的局限，使得AFM對成像分子的種類和成份具備一定的識別能力。抗體與抗原的相互作用在免疫反應的研究中有重要價值。

Kim等研究了抗微生物肽對脂多糖(LPS)和免疫蛋白(脂多糖結合蛋白LBP和CD14)間相互作用的影響。脂多糖結合蛋白LBP和受體蛋白CD14同LPS的結合可觸發敗血癥性休克引發的免疫響應，但具體機制仍不清楚。測定針尖上固定的LBP蛋白和基底上脂雙層生物膜中CD14的相互作用力，發現LPS存在下形成LPS-LBP復合物后與CD14間的結合力明顯高于LBP和CD14間的結合力，且LPS的糖鏈區越長，結合力越大，說明LPS尤其是其糖鏈區在LBP與CD14的結合上起著重要作用。同時發現抗微生物肽多粘霉素B能特異性地抑制LBPLPS和CD14的結合。蛋白質/DNA的相互作用　通常利用AFM成像可觀測蛋白質/DNA的結合。我們研究組較早報導了用AFM單分子力譜定量地表征蛋白質與DNA的結合力，如發現新型蛋白探針aptamer與蛋白質的結合強于抗體/抗原等。最近，Krasnoslobodtsev等[30]研究了DNA限制性內切酶SfiI與雙鏈DNA復合物的單分子力譜，推測SfiI與雙鏈DNA結合形成能瞬間分離的動態復合物。SfiI特異識別的DNA序列中有一段間隔序列，它不與SfiI結合，但其序列的改變卻能改變蛋白質/DNA復合物的解離速度，從而影響SfiI酶的切割速度。了解轉錄因子與其DNA元件的相互作用是研究基因表達和調控的基礎。我們研究組建立了利用單分子力譜研究轉錄因子與DNA啟動子相互作用的方法，并應用于檢測多種新發現的植物轉錄因子與其DNA元件DRE和ERE的結合，結果表明AFM在測定轉錄因子與其DNA啟動子作用力方面具有很高的靈敏度：轉錄因子DNA結合域中單個關鍵氨基酸的突變或者啟動子核心序列中單個堿基被其他堿基取代，都使得兩者的結合力和結合幾率大大減弱。在此基礎上我們進一步研究了單分子作用力大小與轉錄因子生物學功能的聯系，如研究水稻TINY蛋白及兩種單氨基酸突變的突變體與DRE元件的相互作用力，AFM單分子力譜的結果表明其中一種突變體不與DRE結合，另一種能與DRE結合，但結合力小于野生型TINY。同時，用酵母單雜交實驗檢測TINY及兩種突變體的基因激活活性，結果顯示結合力越強的轉錄因子激活下游基因的表達越高。因此，單分子力譜測得的作用力大小可與其基因調控水平相關聯。與生物學研究中通常采用的凝膠電泳等方法相比，AFM具有耗樣量少、制樣簡單、快速、靈敏等優越性，有望成為表征轉錄因子、確定其DNA響應元件和進行功能基因組研究的新工具。

蛋白質的去折疊AFM單分子力譜也可用于分子內相互作用的研究，如將蛋白質、DNA等生物大分子的兩端分別固定于AFM針尖和基底，進行“單分子拉伸實驗”，研究這些生物大分子的機械性質和折疊/去折疊過程。許多功能蛋白依靠分子內的各種相互作用維持其穩定的三維結構，對溶液中具有一定構象的蛋白質進行拉伸，可以得到蛋白質解折疊的勢能圖，分析蛋白質去折疊過程中的構象變化。

通過對單個纖維蛋白原的拉伸從微觀角度分析血凝塊機械性質的分子機理。纖維蛋白原是血凝塊中主要成份纖連蛋白的前體，激活后組裝成纖連蛋白纖維，形成具有一定彈性的血凝塊網絡結構，以起到止血作用。用AFM拉伸線性的纖維蛋白原寡聚物，得到鋸齒狀的去折疊力曲線，表明纖維蛋白原的三鏈卷曲螺旋結構中每個卷曲螺旋獨立地去折疊。與肌球蛋白的雙鏈卷曲螺旋不同，后者在去折疊后可快速重新折疊，而纖維蛋白原三鏈卷曲螺旋去折疊后的重新折疊可忽略不計，這種區別是由纖維蛋白原的卷曲螺旋結構和蛋白本身的結構決定的 。