AFM在鞣制機理研究中的應用探究鞣制過程對天然膠原結構的影響一直是皮革學科重要的科學問題，借助于現代分析測試技術手段，深入探求鞣制機理，使得這方面的理論和證據不斷豐富。Gayatri等［18］利用AFM研究了三價鉻的不同聚集體(H2O)4Cr(OH)2Cr(H2O)4(二聚體)、Cr3(OH)4(H2O)9(三聚體)和Cr4(OH)4(O)2(H2O)123(四聚體)與原生鼠尾跟腱膠原的相互作用，二聚體與原生膠原纖維作用后使其D周期減小8nm左右，三聚體使其略有減小，而四聚體對其沒有影響;分析原因認為二聚體的尺寸小，更易滲透，取代膠原表面水合層的水分子，從而導致其D周期減小，三聚體熱力學親和力差，自身不穩定，因而作用較弱，四聚體反應活性低，對膠原纖維D周期沒有影響。作者又研究了這3種聚集體與分離提取的鼠尾膠原的相互作用，發現二聚體可以讓膠原單體按照四分之一錯列方式聚集，而三聚體只能讓膠原單體聚集成網狀，推測是二聚體先與膠原上天冬氨酸和谷氨酸的羧基反應，然后再將形成的小纖維按四分之一錯列方式組裝，三聚體可能由于尺寸大而不能將膠原分子按照四分之一錯列方式聚集。

為探討NaCl和Na2SO4對膠原－鉻和膠原－鋁反應的影響，王寅齊等測定了NaCl和Na2SO4對Cr(Ⅲ)和Al(Ⅲ)在膠原纖維上的結合量的影響，并利用AFM對膠原在中性鹽存在時的形貌進行了觀察，認為NaCl可以通過破壞膠原表面的水膜，促進膠原聚集，減小膠原纖維間的距離，從而有利于膠原與金屬鞣劑的反應;Na2SO4也會促進膠原聚集，但由于SO42－對金屬鞣劑產生了較強的蒙金屬鞣劑的反應。這種解釋似乎還值得討論，或許從鹽對膠原－鞣劑形成的超分子結構的穩定性影響方面來考慮更為合理。

范浩軍等在研究納米SiO2或TiO2鞣制機理時，使用AFM表征了SiO2在膠原中的大小及分布。當SiO2的用量低于3%(與干膠原的質量比)時，SiO2在膠原中分散均勻平整，尺寸為50～90nm，當SiO2的用量低于4%時，納米粒子仍然分散均勻，尺寸低于200nm，但是當SiO2的用量高于6%時，出現了500nm以上的大團聚體。

目前用AFM研究鞣制機理仍然停留在形貌成像上，如果能充分利用AFM的各項功能如力一曲線分析技術，或者與其它分析測試手段相結合，可能會獲得更多有價值的信息。