AFM研究表明，細菌在固相表面的初始吸附由范德華力、靜電力、疏水力、空間位阻及表面粗糙度等因素共同支配.用AFM直接檢測細菌與固相表面間的相互作用力后發現，吸附力處于納牛水平，如氮化硅探針與吸附在云母表面的硫酸鹽還原菌間的吸附力為3.9~4.3nN，與細胞–底物接觸區外圍間的吸附力5.1~5.9nN，與細胞–細胞界面間的吸附力6.5~6.8nN.大腸桿菌與聚酰胺或聚苯乙烯修飾的探針間的吸附作用力為2.9~6.7nN，且與聚苯乙烯間有更強的吸附力.氮化硅探針與指數期和穩定期乳酸乳球菌（Lactococcuslactis）間的力曲線沒有顯著差異，吸附力約為1nN.

Sheng等研究了兩種厭氧硫酸鹽還原菌和一種需氧假單胞菌（Pseudomonassp.）與磨光的不銹鋼、軟鋼、銅及鋁金屬表面間的吸附力，結果顯示細胞探針對鋁的吸附力最高，對銅的最低.脫硫桿菌（Desulfovibriodesulfuricans）和假單胞菌對金屬的吸附力較大.細菌對金屬的吸附力受到靜電力和疏水力的影響.另外，細胞探針與細菌菌苔間存在強烈的靜電排斥作用力，這暗示著一旦細菌在金屬表面形成細胞層后，其它的細菌很難再吸附其上.Lower等用生物力顯微鏡直接探測了水溶液中大腸桿菌活細胞與云母、針鐵礦及石墨間的界面吸附力.在細胞探針與礦物間分離距離達400nm的范圍內，均觀測到了吸引和排斥界面力的存在，且力的大小與符號取決于介質的離子強度及礦物表面電荷和疏水性.Lower直接測定了大腸桿菌細胞探針與針鐵礦間相互作用力，當大腸桿菌與針鐵礦間分離距離為10~12nm時，靜電力和空間位阻為主，分離距離為2nm時，范德華力對相互作用力有影響.

Yongsunthon和Lower研究了硅石或聚苯乙烯微珠與金黃色葡萄球菌（Staphylococcusaureus）單細胞間在近中性的0.1mol/LNaCl電解質溶液中的相互作用.分離曲線中約有40%~50%顯示出不顯著的吸引相互作用，作者推斷這種弱吸附力與非特異性吸引作用力如范德華力是一致的，并指出微珠或細菌的表面電荷不能完全解釋力譜圖中的吸附力，另外，金黃色葡萄球菌與聚苯乙烯間更大的作用力或吸附能可歸因于表面粗糙度及表面疏水性.Razatos等測定了大腸桿菌D21與親水玻璃及聚乙二醇包被的十八烷基三氯硅烷疏水修飾的玻璃間的吸附作用，當細菌與聚乙二醇包被的底物間距離相當于聚乙二醇聚合物鏈長度時，AFM檢測到了空間排斥作用，與此形成對比的是，大腸桿菌D21與親水玻璃及十八烷基三氯硅烷疏水修飾的玻璃間出現了長程吸引作用.因此，聚乙二醇毛刷層不僅阻隔了細菌與疏水底物間的長程吸引力，而且還引入了空間排斥效應.在AFM接觸曲線中，Li和Logan發現膠體探針與3種大腸桿菌間的非接觸區為28~59nm，并假定其源于細菌表面胞外聚合物的空間排斥，接觸區為59~113nm，認為其產生于膠體對細胞外膜上的初始壓力，通過相關分析發現，3種大腸桿菌在硅質玻璃上的粘度系數只與非接觸區的長度有相關性.Vadillo-Rodríguez等發現當乳酸菌和探針表面均呈疏水或親水時，兩者間相互作用力強于當兩表面呈相反的疏水性時的作用力，且與溶液離子強度無關.

Shellenberger和Logan研究了玻璃珠分子水平的粗糙度對細菌沉積作用的影響.在離子強度為0.05mol/L和1mol/L的溶液中，Dechlorosomasp.在粗糙玻璃珠（38.1nm±3.9nm）填充柱中的碰撞效率均顯著大于光滑玻璃珠（15.0nm±1.9nm）填充柱中的碰撞效率.而在離子強度為0.1mol/L的溶液中，Dechlorosomasp.或大腸桿菌對粗糙玻璃珠及光滑玻璃珠的碰撞效率間都沒有顯著差別.Mitik-Dineva等聯合應用原子力顯微鏡技術、掃描電鏡技術及激光共聚焦技術研究了大腸桿菌、銅綠假單胞菌（P.aeruginosa）及金黃色葡萄球菌（S.aureus）在不同納米粗糙度玻璃上的吸附.與粗糙表面相比，3種細菌都傾向于吸附在納米光滑的玻璃表面上，這有別于傳統的認識，且細菌代謝活性產生了顯著的響應，表現在細胞表面形貌的變化、胞外聚合物的產生及細胞吸附數量的增加.

另外，Morrow等用AFM測定了膠體Pyrax（葉蠟石、石英、高嶺石和云母的混合物）探針與幾種大腸桿菌間的相互作用能，并證實擴展的DLVO理論預測的細菌在最小能級處的吸附行為.除細菌細胞外，原子力顯微鏡同樣可用于真菌細胞、動物細胞等方面的研究，但這方面的工作已超出本文的綜述范圍

AFM可直接用于測量單細胞和單分子水平的作用力，在研究細胞吸附方面顯示了強大的潛能，但仍面臨諸多挑戰，如細胞探針的制作、電壓–位移曲線向力–距離曲線的轉化、距離零點的估計等.為充分發揮AFM在微生物固相界面吸附研究中的作用，區分界面綜合效應中的各種作用力、細胞表面目標生物分子及其功能團的作用，首先，需要提升高性能探針的制作水平，完善活細胞樣品的固定技術，提高細菌吸附力測定的重現性、精確度、分辨率.其次，需要提高對數據采集、分析、解釋的專業技能，如為便于對力曲線進行理論描述，可使用球狀膠體探針，運用泊松分布，可有效地區分特異性力與非特異性力，對比力測定與理論計算的數據，可證實理論模型的適應性和預測的有效性，對比力測定數據與宏觀吸附數據，可望建立微觀機理與宏觀現象間的聯系等.第三，需要結合其它先進的顯微、光譜及能譜技術，如激光共聚焦顯微鏡技術、掃描電鏡、傅里葉變換紅外光譜、X-射線光電子能譜等.最后，需要物理化學表面分析和分子生物學等交叉邊緣學科的科學家及工程師們的通力協作，使界面細菌行為研究在分子水平上不斷深入，逐步揭示生物微界面的真相.